1978年考入卫生部中医研究院首届中医研究生班，师从全国著名中医学家赵锡武、方药中教授，从事冠心病、病毒性心肌炎及糖尿病、肝病等中医药临床研究，1982年8月获全国首批医学硕士学位。

1981年毕业后分配到上海中医学院中医文献研究所工作，历任助理研究员（1983）、古籍研究室主任（1984）、副所长（1986）、副研究员（1990）等职；1991年调任上海中医学院老年医学研究所筹备组副组长、副所长。1993年～1996年任国家中医药管理局重点科研项目《中国医籍大辞典》编委会办公室副主任、副主编。1996年调任上海中医杂志社副主编、执行主编，同年10月晋升为研究员。1998年1月任上海中医杂志社社长、上海中医药大学图书馆副馆长。2001年4月，任上海中医药大学出版社社长、总编辑，兼上海中医药杂志社社长。2001年8月，当选为中国中医药学会中医文化专业委员会常务委员；2001年9月当选为中国中医药学会第二届编辑出版专业委员会副主任委员。

朱邦贤在长期从事中医药理论研究和临床工作的实践过程中，对冠心病、病毒性心肌炎和糖尿病的中医药治疗进行了较为系统的观察，对慢性咽喉炎、呼吸系统疾病、消化系统疾病等也形成了一些有自己见解的综合治疗方案。如从现代医学和中医学的角度概述并分析病毒性心肌炎病因、病理的基础上，结合导师赵锡武的学术思想，提出在病毒感染的早期，或临床上高度怀疑病毒感染时，及早应用发汗透表、甘寒解毒、凉血和营、养阴护心等方法治疗，有助于预防或控制病毒性心肌炎的发作；主张以清解化毒、温通护心、育阴和阳、理气活血等法则为主，采用中药内服、针灸及穴位注射、按摩外治等综合治疗方案治疗病毒性心肌炎后遗症，以调整、改善患者的免疫机能，增强其抗病毒能力，取得了一定的疗效。

先后主持或参与部、局级中医药科研课题8项，获局级以上科研成果奖11项；在国内中医药杂志上发表《溯源穷本论敷和——六经制化决乎肝胆》、《肝主疏泄的理论非出于内经本旨》、《病毒性心肌炎的中医药防治》、《伤寒温病长短纵横谈》、《方剂辨证与方证规范化之我见》、《赵锡武冠心病证治六法》等论文50多篇；主要著作有《中国医籍字典》（主编助理）、《中医病证专辑》（主编）、《历代笔记医事别录》（第二作者）、《中医病证小方辞典》（主编）、《中国中医独特疗法大全》（副主编）、《实用中医大全》（副主编）、《千金翼方校注》、《中华养生大全》（副主编）等20种。