太祖实录凡三修：一修于建文元年（1399年），总裁为董伦、王景彰等；再修于永乐之初，监修为李景隆、茹瑺，总裁为解缙；三修于永乐九年（1411年），改命姚广孝、夏原吉为监修官，胡广、胡俨、黄准、杨荣为总裁官，至十六年（1418年）五月修成。朱棣两次重修太祖实录，删去了明太祖的过失以及建文朝遗臣对成祖的指斥，又歌颂朱棣“靖难”之功，以图自解于天下后世。但反复删改，使《太祖实录》所记四十八年史事只余二百五十七卷，显得过简。 万历时允科臣杨天民请，附建文元、二、三年事迹于后。

《明太祖实录》凡三修。《明史·艺文志》记：《明太祖实录》二五七卷。建文元年（1399）董伦等修。永乐元年（1403）解缙等重修。九年（1411）胡广等复修。起元至正辛卯（1351），讫洪武三十一年戊（1398），首尾四十八年。万历时，允科臣杨天民请，附建文帝元、二、三、四年事迹于后。今所见之《明太祖实录》，即三修本，前二修本则均已不得见其书。
　　《明太祖实录》三修本成书于永乐十六年（1418）。自建文元年初修之始，至永乐三修告竣，二十年间三成其书。中经“靖难”之役燕王夺位，政事、人事变动甚大，因而引起对本书的各种议论，加之历来史家多称颂建文“宽仁”，不满于燕王夺位后对建文遗臣之杀戮，故多指斥永乐中之三修，“事皆改窜，罪在重修”。然而究其修纂史实，并不尽如此。

《明太祖实录》初修于建文元年正月，书成于建文三年（1401）十二月，前后凡三年。
　　当洪武晚年，太子朱标病逝，太孙朱允炆年幼，诸王觊觎皇位，藩衅已萌。洪武三十一年（1398）七月，命曹国公李景隆突执周王，废为庶人，数日后，便有“征江西处士杨士奇充实录纂修官”之命。至建文元年正月正式开局修书，则同月又废代王。四月湘王自焚，五月废齐王，六月废岷王，七月燕王朱棣起兵北平（今北京），“靖难”之役爆发。建文三年十二月书成上呈时，则燕王挥师南下，战局已定。半年后燕师入南京。由此可知，其一修《明太祖实录》始于“靖难”起兵之前夕，终于燕王夺位之前夕，大略与“靖难”之役相始终。在这一历史背景下修成的《明太祖实录》中，对于燕王及诸藩的记述，自然会多有指斥之处。因此燕王夺位后，“以前任知府叶惠仲等修《太祖实录》，指斥靖难君臣为逆党，论死籍没”。

　　燕王朱棣夺位后亟命修改，建文四年（时改称洪武三十五年）十月，下令重修《明太祖实录》，此距燕王夺位仅三月，而距建文一修成书尚不足一年。利用这次改修《明太祖实录》以正其夺位之名，这与当时大戮建文遗臣目的乃是一致的。
　　这次重修，前后仅用了八个月，至永乐元年六月即匆匆成书。全书一百八十三卷，分写一百六十五册，此即所谓《明太祖实录》二修本。从修纂时间及过程来看，这并非一次真正的重修，而只是在原书基础之上，将其中触犯忌讳之处作删改增订而已。这是出于当时形势所需，“又成于急促，未及精详”。因此便决定了此书必然还将有第三次修纂。

《明太祖实录》第三次修纂始于永乐九年，至十六年五月书成，历时六年七个月。全书计二百五十七卷，分写二百五十册，又有《宝训》十五卷，分写十五册。

这次修纂有两个突出特点：一是当时全体内阁成员几乎都参与了修纂工作；再是监修官姚广孝和夏原吉均直接参与修纂工作。
　　从这三次修书参与的人员来看，虽然主要修纂者人数相当，但情况却有所不同。一修、三修用人较为精当，二修人数虽多，却有不少挂名而实未与者。如《进实录表》中所列之王景、胡俨、杨荣、金幼孜等，《明太宗实录》、《明史》等书均未记其与修之事。其领衔监修者李景隆才品均劣，又多用监生、生员，此为永乐之初，史官乏人，且当时在政局变动之后，人心未定，岂能尽心于考订编修国史。至三修之时，朱棣已用胡广之言，停止追治所谓“奸党”，时当永乐盛世，所用多为当时名臣，着力于“访问考稽，从实修纂、补遗、润色，次第成书”①。因此三修本从内容上不仅较前二修丰富，而且较前二修为好。
　　《明太祖实录》一修、二修本今均已不得见其书。《明太祖实录》二修书成，即焚一修本，为使不留改动之痕迹。但三修书成，却并未焚二修本。是以二修本曾传至明末。明末清初顾炎武曾记：“闻之前辈老先生曰：《太祖实录》凡三修。一修于建文之时，则其书已焚，不存于世矣。再修于永乐之初，则昔时大梁宗正西亭曾有其书，而洪水滔天之后，遂不可问。”

明实录从《太祖实录》起便强调事直文简，理明义彰，对典章制度记述尤为详明，成为后世研究有明一代典制的最主要史料。明实录的另一重要特点是收有重要人物传记，其中虽间有隐讳失实之处，但仍保留了较为丰富之史料，成为后人纂修明史列传及研究这些人物和历史的重要资料。
　　对于明实录中保存的史料，不同研究范围的人，见解也不相同。总括来看，明实录所记，偏重于政治事件、制度，而缺乏社会经济方面内容，这是史官们囿于封建正史编修传统之必然结果。