自幼随父习字学文，尤以理学为归宿。尝与黄蜕、何梦桂等人肄业于石峡书院。

宋理宗淳祐十年（1250），理宗临轩策士，见他所对敷陈鲠亮，亲擢他为进士第一，并且亲自将他改名为“逢辰”。此后，他便以“君锡”为字。始补承事郎、佥书平江军节度判官厅公事。宝祐元年时，被召为秘书省正字。二年，在校书郎任以言事罢。即因上疏条陈海州丧师的导闻及战守计，言词激烈，理宗不悦，遂称疾求去。尽管程元凤拜相后又极力推荐，终因朝中大臣相继指摘他不该“交游学舍”而作罢。开庆元年（1259），召为著作郎。景定元年（1260），兼权尚书左郎官，居官不久又以言事忤贾似道罢官。应聘在婺州书堂开讲授徒，生徒从游者数百人。景定二年(1261)，任婺州知府，不久又罢，回乡创办家塾，以理学授门徒。不久，又出任嘉兴知府，继而瑞州，不等届满又被罢官。度宗即位，即咸淳元年（1265），召为司封郎官兼直舍人院，实录院检讨官，寻迁秘书少监、起居舍人。其后历任秘阁修撰，三年，出为江东提刑，徙江西转运副使。五年，权兵部侍郎。后任编修、国史实录院修撰兼侍读等职。七年，迁吏部侍郎。德祐间，历官荆、湖、四川宣抚司参谋官，累官至户部尚书，丁母忧去国，从此绝意仕途。后改礼、吏部尚书，俱不受。宋亡，元世祖曾诏御史中丞崔彧起用他，也遭拒绝。元世祖至元二十八年卒，年七十一。

方逢辰平生以格物为究理之本，坚持以笃行为修己之要，读书有法，劝戒有条。凡他所到之处，无不以教务为先，如吴中和靖书堂，金华婺州书堂与东阳义学，江西鄱江书堂、东湖书院、宗濂书院等，都是他的公暇治学之地。人称“蛟峰先生”，是南宋著名教育家。著有《孝经解》、《易外传》、《尚书释传》、《学庸注释》、《格物入门》诸书行世。

方逢辰的著作大多散失，五世从孙方渊辑为《蛟峰先生文集》八卷，七世孙方中续辑外集四卷。事见本集末附黄溍《蛟峰先生阡表》、文及翁《故侍读尚书方公墓志铭》。方逢辰诗，以明天顺七年方中刻本《蛟峰先生文集》（藏北京图书馆）为底本，校以影印文渊阁《四库全书》本（简称四库本）。