到了元代元贞年间(1295-1297),郡人何昌明于此大兴
土木,请来中原工匠,改建为一殿二塔,绘塑佛、菩萨、大士之像,栖住持,每日晨钟暮鼓,香烟缭绕,成为参禅拜佛之所。并取前述异人事,书“指林寺”匾悬于门楣。因而,碑刻称:“寺始于宋,成于元,而兴于今。”
明清时期,指林寺内又增建了天王殿、地藏殿、藏经阁、准提阁、环翠亭等,“幡幢杂沓,鼓钟振扬,为一郡瞻依之所”,“有十方大禅刹之风”,而成为滇南的著名禅寺。
今人十分珍惜古人留下的遗迹。1998年,筹巨资重修了指林寺,按照文物“修旧如旧”的维修原则,拆除倾斜的土墙,换掉腐朽的檩椽,砌上整洁的青石台基,镶上石栏望柱,铺上青砖地幔,砌上红砖的山墙,柱梁、斗拱等木质部分,全部重新油漆,原来剥落的彩绘,也重新描绘一新,大殿及牌坊,重现熠熠光彩。