深度测序 (Deep Sequencing)
深度测序是一种最新的高通量测序技术，它一次可以同时对几十万至几百万条DNA进行测序。深度测序可以对一种生物、组织或细胞器进行基因组、转录组或代谢组进行全面、深入、细致的分析。通过深度测序技术，我们可以对未知的miRNA进行探索发现，对已知的miRNA进行初步的定性半定量分析。
基因芯片（Micro-Array)
基因芯片技术兴起于20世纪90年代，它是一种快速的、高通量的通过核酸杂交反应的原理来测定基因表达量的技术。
基因芯片技术的出现使得对成千上万基因表达同时进行检测成为可能。近年来随着miRNA研究逐渐成为热点，用于检测miRNA的芯片产品也越来越多。该技术最主要的优势为具有极高的检测通量，同时检测成本较低。但是由于技术本身的限制，
基因芯片只能显示出2倍以内的表达差异，因此也是属于定性半定量检测技术。
实时荧光定量PCR (Real-time qPCR)
实时
荧光定量PCR技术是1996年由美国Applied biosystems公司推出在定性PCR技术基础上发展起来的核酸定量技术。该技术在PCR反应体系中加入荧光基团，利用荧光信号积累实时监测整个PCR进程，使每一个循环变得“可见”，最后通过Ct值和标准曲线对样品中的DNA (或cDNA) 的起始浓度进行定量的方法。实时荧光定量PCR是目前确定样品中DNA (或cDNA)拷贝数最敏感、最准确的方法。
目前市场上miRNA qPCR检测方法主要有以下两种：1. 两步法； 2.三步加尾法。两种方法的主要差别在于qPCR之前的cDNA制备过程（如图）。其中两步法是通过独特设计的茎环结构引物进行反转录将miRNA反转录成cDNA。而三步法则是给miRNA序列加polyA尾，之后再利用反转录过程将miRNA反转录成cDNA并加上独特设计的尾部序列。
两步法的优势在于特异性很高，但是最新的研究报道显示在编辑过程中，miRNA 的3’序列的多样化现象(Heterogeneity)，这种现象的发生使得目前市场上qPCR两步检测法的准确性受到影响（如图）。而三步法则不受这一现象的影响，而且随着科学家们的不断摸索创新，三步法的特异性如今已经可以和两步法媲美。更重要的是低廉的价格也是三步检测法越来越受到广大研发人员喜爱的重要原因。
Fig. miRNA biogenesis
