对马土地贫瘠而无法耕作，除了肥前国的飞地以外可以说实际上没有石高。 不过对马国在朝鲜釜山广域市拥有倭馆，经济收入可以说完全仰赖与朝鲜的贸易，实际上收入也相当多。江戸时代末期，因为和朝鲜的贸易萎缩，本藩也陷入财政困难。此时因为周围的海域有许多欧美船只出没，相当重视此地国防地位的江户幕府便提出改封宗氏至河内国10万石领地（也有20万石的说法）的计划。不过因为宗氏自中世以来便担任本地的领主，家臣们也适应了此处特别的生活方式，因此予以婉拒。
因为作为幕府与朝鲜重要的外交窗口，本藩亦合并肥前国内的1万石成为2万石，并自初代藩主宗义智以来，对马府中藩一直以10万石国主的地位受到礼遇。
第11代藩主宗义功与第12代藩主宗义功同名，这是因为第11代义功在觐见幕府将军前忽然去世，其弟富寿便以替身身分继承本藩。
1869年9月12日版籍奉还后改称严原藩，1871年8月29日废藩置县后成为严原县。
1884年，宗氏以伯爵之位列为华族。