1879年， 一群教堂的礼拜者创立了富勒姆足球俱乐部，1888年定名为富勒姆。在1896年将主场确定为Craven Cottage之前，他们没有自己的主场，只能四处流浪。
1907年，
富勒姆加入了英格兰足球联赛，直到40年后他们才第一次进入顶级联赛，但随后不久便降入了乙级。50年代到70年代，富勒姆队在传奇人物海尼斯的带领下坚守住了顶级联赛的席位，后来的传奇人物如博比-摩尔、乔治-贝斯特邓都曾在70年代在富勒姆队效力。但底蕴的薄弱最终令球队降级，在70年代后期，他们从顶级联赛降级并跌入了深渊。
但赛季随着球队引进的邓普西，萨莫拉等球员的出色发挥，球队杀入了首届欧洲联赛的决赛，这是球队历史上第一次进入欧洲赛事的决赛。在英超热刺，曼城和维拉的强势崛起的形势下，富勒姆依旧凭借出色的战绩保持在积分榜的上半区，甚至在主场将卫冕冠军曼联打的溃不成军。相信在主帅霍奇森的带领下富勒姆不会仅仅只是昙花一现。
在09/10赛季，富勒姆在欧洲足联欧洲联赛的比赛中，斩下卫冕冠军顿涅茨克矿工，逆转尤文图斯，连克德甲两强沃尔夫斯堡和汉堡，杀入决赛，可惜在决赛中被马德里竞技2比1加时绝杀，痛失俱乐部历史上第一座欧战冠军。
2010年夏天，教练霍奇森出走担任利物浦队的主教练，马克休斯接任，带领球队征战2010-2011赛季英超联赛。
2011年6月7日，马丁·约尔取代辞职的马克休斯接任富勒姆主教练，他和富勒姆队签订了两年的执教协议。
