太宗即位，以赦复授旧官。时初榷酒，以承恭监西京酒曲，岁增课六千万。迁大理正，议狱平允，擢库部员外郎，判大理少卿事。迁屯田、兵部二郎中，同考校京朝官课第。端拱三年，下诏曰：“九寺三监，国之羽仪，制度声名，往往而在。各有副贰，率其司存，品秩素高，职任尤重。郎吏迁授，斯为旧章。比闻缙绅之流，颇以台阁自许，目为散地，甚无谓焉。朕将振之，自我而始。其以兵部郎中孔承恭为太常少卿，魏羽为秘书少监，户部郎中柴成务为光禄少卿，魏庠为卫尉少卿，张洎为太仆少卿，吕端为大理少卿，臧丙为司农少卿，袁廓为鸿胪少卿，工部郎中张雍为太府少卿。”又以屯田郎中雷有终为少府少监，虞部郎中索湘为将作少监。时裴祚、慎从吉、宋雍先为少卿，皆改授东宫官。又诏承恭与左散骑常侍徐铉刊正道书，俄以疾求解官，且言早游嵩、少间，乐其风土，愿卜居焉。上召见，哀其羸瘠，出御药赐之，授将作监致仕。以其子玢同学究出身，为登封县尉，俾就禄养。未果行而卒，年六十二。

承恭少疏纵，及长，能折节自励。尝上疏请令州县长吏询访耆老，求知民间疾苦、吏治得失，及举令文“贱避贵，少避长，轻避重，去避来”，请诏京兆并诸州于要害处设木牌刻其字，违者论如律。上皆为行之。尤奉佛，多蔬食，所得奉禄，大半以饭僧。尝劝上不杀人，又请于征战地修寺及普度僧尼，人多言其迂阔云。