奉天殿与其北部的华盖殿（今中和殿）、谨身殿（今保和殿）共同组成了“三大殿”建筑群，是明清紫禁城建筑群的核心，坐落在全部用汉白玉包筑的三层石台上，每层台的四周都是雕刻精美的石栏杆，石台总高8.12米，边缘高7.12米，占地25000平方米。
非常遗憾的是，这么一栋大型木构建筑，历史上仅仅存在了三个月，奉天殿于明朝永乐十九年(1421)正月初一宣布投入使用，四月初八便遭雷火，“奉天、华盖、谨身三殿灾”，三大殿全部被火烧毁，明成祖将这看成是上天和祖宗对他“靖难”夺位、强行迁都、大兴土木的愤怒，惊恐之余，改北京为“行在”，仍尊南京为首都，改在奉天门（今太和门）听政，不再重修三大殿，此后的洪熙、宣德二帝，皆有迁都南京的念头，也没有重修。
明正统帝继位后，南迁之念已绝，明正统五年(1440)重修三大殿，到六年九月，“奉天、华盖、谨身三殿，乾清、坤宁二宫成”。虽然借助了永乐时所遗一些旧人的经验和能力，把它建起来了，却又不是与原来完全相同的样子，或者说与原来的“华美富丽”相比，实际上已经简单了许多。
明嘉靖三十六年(1557)四月，三大殿再次被雷火烧毁，而且蔓延的更广，文楼（今体仁阁）、武楼（今弘义阁），奉天门（今太和门），左顺门（今协和门）、右顺门（今熙和门）及午门外左、右廊亦被烧毁。明嘉靖帝不得不设朝于端门。明嘉靖四十一年(1562)九月重修完毕。
明嘉靖时代的这次重修，极大的缩小了三大殿的体量，以致建筑与三层月台比例关系失调。原先的奉天殿，面阔占满整个月台，改建后，宽度只和月台前凸部分丹陛宽度相当，进深也相应缩小，导致整个建筑前移，柱础和柱径也被缩小，屋顶的琉璃瓦从头样瓦，缩小为二样瓦。根据记载，明朝大木，长者至六七丈，围有一丈六七尺，有的比这还要粗，由于连年采伐，木材的来源越来越困难，所以使嘉靖朝重建时，对于一些不够径粗的大木，不得不采用“中心一根，外辏八瓣共成一柱，明梁或三辏、四辏为一根”的包镶做法，以求得外表的一致。而且“以杉木代楠木”用于“金柱”的做法，也是从嘉靖开始的。可惜永乐时期，用“自出水中”而得厂名的“神木”建造起来的三殿，雄伟如何，从此无法看见了。
缩小后的奉天殿，嘉靖帝下令改名叫“皇极殿”，华盖殿改叫“中极殿”，谨身殿改叫“建极殿”。
此后明万历二十五年，三大殿又被烧毁，直到明天启六年才修复。崇祯末年，李自成占领紫禁城，清军入关后，李自成逃出北京前“焚宫殿及九门城楼”，皇极殿受损严重，顺治帝不得不在武英殿登基。
清顺治帝下令改皇极殿为太和殿。清康熙三十四年(1695年)重建，并拆除两侧斜廊，改为防火墙。其体量延续了明嘉靖重修时的规模，横宽63.96米，纵深37.2米，高35.05米。看上去台大屋小，两边以防火墙占居着台面两侧空旷的部分。
由于明嘉靖年间的缩小体量，使得太和殿的面阔不及长陵享殿稜恩殿（面宽66.75米）和太庙前殿（面阔68.20米），但太和殿的高度和进深远大于这两殿，所以总体上比较，太和殿依然是中国现存最大的单体木建筑。