吴永军教授长期从事教育社会学、课程论、教学论的研究，在基础教育课程改革、中小学语文教学、教师专业发展、校本教研等方面的研究形成特色，先后出版专著《课程社会学》、《新课程学习方式》两部，主编著作6部，参与10部专著若干章节共计60余万字的写作；在省级以上刊物发
表学术论文60余篇，其中在《国外社会科学》、《教育研究》、《教育研究与实验》、《课程·教材·教法》、《教育理论与实践》、《教育发展研究》等权威及核心刊物上发表论文40余篇，有十余篇被《新华文摘》、人大复印资料《社会学》、《教育学》、《中小学教育》以及《中国教育科学》等刊物全文转载。
现主持国家社科基金“十一五”规划2006年度国家一般课题“我国新课改的回顾与反思——基于义务教育阶段课改实践的社会学研究”，主持江苏省教育科学“十一五”规划课题“小学成长型教师专业发展的理论与实践研究”；曾主持教育部“十五”规划重点课题“西方课程社会学新发展研究”，江苏省教育科学“十五”规划重点课题“小学创新教育的校本课程开发与实施研究”，江苏省教育科学“九五”规划重点课题“江苏省中小学课程的社会学研究”和省教研室重点资助项目“素质教育的课堂教学结构研究”；参与国家级科研课题“课堂教学的社会学研究”和“课程的社会学研究”的工作。作为主要参与者参与的研究成果“教学的社会学模式初探”获江苏省第五次哲学社会科学优秀成果二等奖（1997），作为主要参与者参与的研究成果“课堂教学社会学”获第三届全国教育科学优秀成果奖一等奖（2006）。曾于1997年获南师大第五届青年教师工作学习“双优奖”一等奖，2000年度校优秀青年骨干教师称号。