同源异形基因是决定果蝇体节形成的发育基因，其同源异形盒子编码同源异形结构域蛋白，在进化上极为保守，从低等到高等动物的基因组中都有存在。其表达具有严格的时、空特异性，可控制蛔胞的分化状态及表型，推测可能是通过对其他基因的调节而发挥作用。最近表明线虫及哺轧类蛔胞中的转录因子也具有同源异形蛋白，初步证明它们也是转录因子，这对解释同源异形蛋白的功能、探索基因表达的调节机制有重要意义。

同源异形基因（homoeotic　gent）是最早是在果蝇DNA中发现的一类基因。果蝇胚由许多彼此备异的体节组成，同源异形基因是参与体节分化及体型结构形成的发育基因，与个体发育及物种进化关系密切。它们易发生变异使生物变态，产生突变的后代。最初认为只是体节形成基因，近几年发现除果蝇胚外，在成虫以及不同种属动物的胚及成年动物的特异组织中都有表达，而且即使在果蝇胚中某些同源异形基因的表达也并不与体节形成有关。因此对同源异形基因的概念发生了变革，除控制体蒂发育外还县有更为广泛的生物学功能。

同源异形基因一般都很大，含多个投长的内含子，整个基因编码一个具多个不同功能结构域的同源异形蛋白（homoeotic　protein）。每种基因无一例外部含有一段I80bp长的特征性DNA片段——同源异形盒子（homoeotio box），　简称盒子，编码一段同源异形结构域蛋白（11o—　lnoeodomain　protein），共6O个氨基酸残基，有DNA结合活性。盒子在生物进化中极为保守，从酵母、软体动物、梅怛、爪蟾，小鼠以至人的基因组中都有发现。不周种属动物相关的同源异形基因的盒子的同潦性高低不等，但与DNA结台处的氨基酸绝对无变异。有的相关同源异形基因除盒子外，在其两侧尤其是蛋白的羧端也是相似的，甚至在氨端也有一定同源性，提示基因的全序列也是保守的。基因分不同的家族，同一家族的成员根据列的同源程度又分为亚家族。