在动物分类学上，属
于牛科之羊亚科(Capainae)的动物，除了我们比较熟知的山羊和绵羊以外，还有山羚属(Naemorhedus)、长鬃山羊属(Carpricornis)、欧洲山羚属(Rupicapra)、蓝羊属(Pseudois)、麝牛属(Ovibo)和牛角羊属(Budorcas)等，它们和山羊以及绵羊在外型上并不完全相似。
事实上，长鬃山羊在分类学上的位置，一直都有着极大的争议。它们原先被列于羚羊亚科(Antelopes)，后来又改列于羊亚科，因为它们可以说是介于羊与羚羊之间的动物。这也就是台湾长鬃山羊为什么又被叫做“台湾羚羊”的缘故。
在被归为羊亚科以后，一开始台湾长鬃山羊被归类于该亚科中的长鬃山羊属。世界上现存的长鬃山羊只有两种，一种是马来长鬃山羊(Carpricornis sumatraensis)，另一种是日本长鬃山羊(C. crispus)。而日本长鬃山羊可以再分为日本长鬃山羊(C. crispus crispus)和台湾长鬃山羊(C. crispus swinhoei)两个亚种。
但是，Wilson 和Reeder在1993年又发表了新的分类系统，将台湾长鬃山羊归在山羚属，学名则变为Naemorhedus swinhoei。过去台湾长鬃山羊被认为是与日本长鬃山羊同种的亚种，但是，如果依照Wilson 和Reeder之新的分类法的话，台湾长鬃山羊就已经独立为台湾的特有种了。
