乾隆四十六年,成进士,选庶吉士,授编修。阿桂为掌院,激赏其才。五十六年,大考,降礼部主事。阿桂言荫溥能事,改部可惜。帝曰:“使为部曹,正以治事也。”累司文柄,典山西乡试,督河南学政。嘉庆五年,充军机章京,川、楚军事,多所赞画。八年,孝淑睿皇后奉安山陵,故事,皇后葬礼无成式,礼臣所议未当。荫溥回直仪曹,考定礼文,草撰大仪,奏上,如议行。数随大臣赴各省按事,累擢光禄寺少卿。十六年,大学士戴衢亨卒,仁宗以荫溥谙习枢务,数奉使有劳,加四品卿衔,命在军机大臣上行走。历通政司副使、光禄寺卿、内阁学士。十八年,擢兵部侍郎,调户部。扈从热河,会教匪起,滑县林清入犯禁城,夜半闻报,至行在面进机宜,越日从驾还京。事平,优叙,赐子本举人。
二十二年,擢礼部尚书,调兵部。上以荫溥实心任事,特加太子少保。寻调户部,兼署刑、吏两部尚书。二十三年,馆臣撰进明鉴,未合上意,命荫溥偕托津、章煦、英和、和瑛为总裁,遴择翰林才识兼长者,重加核改,书成,诏褒之。工部主事潘恭辰监督琉璃窑,不受漏规,驭吏严,吏诬讦侵冒,下狱。恭辰贫而无援,文书证据不得直,罪且不测,舆论愤之。上微闻,命荫溥详鞫,得其状,释恭辰,置吏於法。后恭辰至云南布政使,以清操名。二十五年,典会试,会元陈继昌,故大学士宏谋玄孙也,乡试、殿试皆第一。有清一代科举得三元者,惟乾隆中钱棨及继昌两人。上制诗,命荫溥等赓和,以纪盛事。是年秋,帝崩,因撰拟遗诏不慎,降五级留任。寻调工部。