据古文化遗址考证，远在5000多年前的新石器时期，境内海安青墩地区就有原始氏族部落繁衍生息。今市区一带，五代设郡，称静海。後周显德五年（公元958年）筑城，定名通州。宋天圣元年（1023年）改称崇州，又名崇川。辛亥革命後，废州设县，称南通县，被称为“中国近代第一城”。1949年2月南通全境解放後，划城区、狼山、天生港一带建南通市，先後为苏南行署、南通地区专署所辖，1962年改为省辖市。1983年南通地区与南通市合并，实行市管县体制。

南通在距今五、六千年开始就有人群在当地居住。在市区一带在晋朝以前为江口海域，南北朝时始成沙州，初名壶豆洲，後名胡逗洲，隋代初为沙洲，属海陵郡（今泰州），唐朝时为盐亭场，玄宗开元十年（722年）设置盐官，属杨州海陵县，隶淮南道。唐僖宗干符二年（875年）时，设狼山镇遏使，归浙江西道节度使管辖。五代十国时期（907-960年），吴时曾设东洲静海都镇遏使。南唐时立静海都镇制置院，置如皋县属泰州，历时半世纪。公元958年，北方後周派兵南下，占领静海，升为静海军，不久改名为通州，领静海、海门两县，属杨州管辖。宋朝时天圣元年（1023年）一度称崇州或崇川，不久复称通州，隶属南东路，领静海、海门两县。元世祖至元十五年（1278年）升为通州路，二十一年（1284年）复称通州，属杨州路。隶江中淮东道廉访使司，领静海、海门两县。清康熙十一年（1672年）海门废县为乡并入南通；雍正三年（1724年）改通州为直隶州，并以泰兴、如皋两县归其管辖，隶江苏市政使司；干隆二十六年（1761年）改隶江宁市政使司。辛亥革命後废州立县，设“南通县公署”。1914-1927年，南通、如皋、靖江、泰兴等县为苏常道辖，海门、崇明等归沪海道辖。1934年设立南通行政督察区专员公署，辖南通崇明、启东、海门、如皋、靖江六县。抗日战争时期，1941年3月在南通县北兴桥建立抗日民主政府，解放战争期间，设通东、通海、通西、通如行署，在如东掘港建立苏中第四行政区专员公署，曾改建苏皖（华中）一、九行政区。