1983年，南开大学决策层为适应开展中国高等教育研究的需要，高等教育体制改革中出现的新情况，新问题开展系统研究，成立了高等教育研究室，在校长直接领导下开展工作。1998年12月，南开大学领导集体强调指出：现代高等教育研究是现代高等教育改革和发展的重要基础和动力。 学校鼓励对21世纪中国和世界高等教育学进行深入研究，将教育教学研究成果作为学校对各院、系教学评价的指标之一，并决定在原高等教育研究室基础上，成立
高等教育研究所。
经过数年的发展，高等教育研究所于2000年获得高等教育学硕士学位授予权。同年9月，学校领导集体为建设高水平大学，在实行学院制，深化校内机构改革中，为尽快恢复和重建南开的教育学科，将高等教育研究所从学校本部行政单位中拨离出来，建成以教育科学研究与人才培养为主，同时为学校改革与发展服务的学院级学术研究机构。
南开大学具有优良的传统，出现过很多著名教育家，拥有自己的办校风格和有特色的教育思想及教育方法。早在20世纪20年代，南开大学就创立了教育学科，但于1952年院校调整是被取消。南开大学是国内外著名的综合性大学，高等教育研究所将发挥我校综合学科实力强的优势，发展南开教育学科。与我校各优势学科相结合，开展高等教育思想理论、高等教育经济学、高等教育史学、发展高等教育学、国际高等教育比较、企业内高等教育、高等教育心理学等方面的研究，以尽快形成南开高等教育学研究特色。