为了落实珠海市与学校战略合作协议，更好地适应珠海及珠三角地区经济社会发展对高层次专门人才的需求，北京理工大学在2013年成立了珠海研究生院。北京理工大学珠海研究生院位于北京理工大学珠海校区内，由北京理工大学研究生院直接领导。珠海研究生院硕士研究生的招生和培养纳入北京理工大学研究生院的计划和培养体系，由北京理工大学统一进行管理。
研究生在学制年限内完成规定的学习内容，符合毕业要求的，由北京理工大学颁发专业学位研究生毕业证书；符合学位授予条件的，由北京理工大学授予专业硕士学位证书。