行政上，函馆车站位於[[北海道]][[
渡岛支厅]][[函馆市]]若松町的范围内。
函馆车站是个拥有4个[[岛式月台]]、8条
铁路路线的地上车站。虽然曾经一度有过最大6月台11线的路线配置，但在修筑第五代的车站大楼时为了取得站体建筑用地而将原本的第一与第二号线撤除，并将原本的第三第四号线易名第一第二号线，依此类推。所有行驶於[[
函馆本线]]、[[江差线]]与[[
海峡线]]上的列车如欲通过函馆车站，都需采由五稜郭车站方向驶入函馆车站停靠，然後再倒退回五稜郭车站的[[折返式]]（Switchback）行车方式。与大部分的端点式车站同样，函馆车站的月台与车站大楼之间并不需要靠[[人行过街天桥|天桥]]或[[地下道]]的方式连结，而是采全平面的方式配置，旅客进出非常便利。
