1993年，原中共中央顾问委员会秘书长李力安任该所所长。2000年底，朱佳木任中国社会科学院副院长兼该所所长。2001年底，中共中央书记处听取该所工作汇报，原则批准《当代中国研究所2001——2004年科研规划》。

截止2012年，该所现有高级研究编辑人员24人，博士、硕士34人。领导机构为所务委员会，下设办公室、科研办公室和政治史、经济史、文化史与社会史、外交史与港澳台史等四个研究室，并设有所学术委员会和所高级专业技术职务评审委员会，主管一个直属事业单位——当代中国出版社，主办国内唯一的国史学术期刊——《当代中国史研究》和国家一级社团——中华人民共和国国史学会，拥有一个藏书8万余册、订阅报刊180余种的图书资料室。该所与中国社会科学院研究生院合作设立了国史系，与中国人民大学合办有当代中国研究中心，与俄罗斯科学院远东研究所订立有学术交流协议，并接受国内外访问学者。

建所以来，该所先后编写出版了《中华人民共和国史稿》(序卷)、《中华人民共和国国史百科全书》、《中华人民共和国史编年》1949年卷和1950年卷等学术著作；组织出版了《当代中国》和《当代中国人物传记》、《中华人民共和国地方简史》等系列丛书。2001年，该所创办了全国性的国史学术年会及面向国史学界的月度讲座制度。该所的奋斗目标是努力将当代中国研究所建设成为以马克思主义为指导、汇聚一流科研人才、具有一流学术水平的国史研究基地和学术交流中心。

政治史研究室

该室以中华人民共和国政治史为研究对象，主要承担中华人民共和国史中有关重要政治人物、重大政治事件以及政治思想史、政治制度史、民主与法制建设史、公共行政管理史、党派团体史、国防史等内容的编纂任务，围绕上述内容收集相关资料，开展专题研究。

经济史研究室

该室以中华人民共和国经济史为研究对象，主要承担中华人民共和国史中有关经济思想史、体制改革史、经济运行史、城乡建设史、资源与人口及环境变迁、自然灾害史等内容的编纂任务，参加和组织相关的学术交流活动，负责相关的宣传、教育和事务性工作。

文化史研究室

该室以中华人民共和国文化和社会史为研究对象，主要承担中华人民共和国史中有关思想史、教育史、科技史、学术史、文学艺术史、精神文明建设史、医疗卫生史、社会史、少数民族发展史、宗教史等内容的编纂任务，围绕上述内容收集相关资料，开展专题研究，负责研究国史研究的理论与方法。

社会史研究室

以中华人民共和国社会史为研究对象，主要承担中华人民共和国史中有关社会政策史、阶级与阶层变动史、城乡及城乡关系史、少数民族发展史、社会团体史、社会工作史、社会保障史、医疗社会史、基层社会史、社会生活史、人口史、灾害史等内容的编纂与研究任务，并围绕上述内容收集相关资料。

外交史与港澳台史研究室

该室以中华人民共和国外交史和港澳台史为研究对象，主要承担中华人民共和国史中有关外交战略与政策史、对外关系史、民间对外交流史以及港澳台史等内容的编纂任务，围绕上述内容收集相关资料，开展专题研究，负责跟踪分析境外研究中华人民共和国史的情况。

理论研究室

以中华人民共和国史学理论为研究对象，主要承担中华人民共和国史研究中有关理论和方法问题的研究，建设马克思主义指导下的国史研究学科体系，并围绕上述内容收集和编辑相关资料。