本所现设有生物技术室、种质资源室、十字花科蔬菜育种室、茄科蔬菜育种室、葫芦科蔬菜育种室、蔬菜栽培与采后技术室、植物保护研究室和花卉研究室。是“国家蔬菜改良中心”、“国家昌平综合农业工程技术研究中心蔬菜花卉分中心”、农业部“蔬菜遗传与生理重点开放实验室”、农业部“蔬菜品质监督检验测试中心（北京）”、“中国──荷兰园艺作物分子生物学实验室”的依托单位，也是中国园艺学会的挂靠单位。

现有在职职工195人，其中科技人员141人。在科技人员中，研究员10人，副研究员约40人，中 国工程院院士1人、博士导师5人，具有博士学位的13人、硕士学位的26人。

全所拥有科研用房13000平方米，价值万元以上的仪器设备102台（套）。所图书资料室有藏书9000余册，订阅国内外科技期刊60余种。有国家蔬菜种质资源中期库一座，保存有3万余份蔬菜品种资源。试验农场面积20公顷，其中试验温室面积34000平方米，塑料棚6000平方米。

从1984年起，开始了科研体制改革的探索和实践。改革的重点是把主要的科技力量投入到为国民经济建设服务的主战场。坚持以科研为中心，合理安排应用基础研究、应用研究和开发研究三个层次的研究活动。已初步进入出成果、出人才、出效益的良性循环。被农业部评为“七五”、“八五”期间全国农业科研机构综合能力百强单位。受农业部、科技部委托，从“六五”至“九五”组织国家科技攻关和农业部重点项目的实施，培育出160多个优质、丰产、抗病的蔬菜新品种，在设施栽培配套技术研究和病虫害综合防治研究方面也取得了重要成果，为我国“菜篮子工程”的实施提供了有力的科技支撑。