2000年,中华消化病学分会加入了世界胃肠病学组织(OMGE)和亚太胃肠病学会(APAGE),成为这两个国际组织的成员。中华消化病学分会很高兴能与国外同道合作,促进和推动消化病学临床、教学和科研的发展。为加强与国外同道的学术交流,学会与墨尔本的Blackwell-Science Asia合作出版了英文版《Chinese Journal of Digestive Diseases》(季刊)。这份杂志选择《中华消化杂志》和《胃肠病学》等杂志中学术水平高的论著翻译成英文,第一期《Chinese Journal of Digestive Diseases》已于2000年出版, 2001年起每季度出版一期。
中华消化病学分会在国内每年组织若干次专题会议,进行学术交流,并对一些热点课题进行讨论以取得共识,向全国推广。我学会于1997年10月,与中华消化内镜学分会和中华肝病学分会在北京共同举办了第一届中国消化系疾病学术周,参会者来自全国29个省、市、自治区和香港特别行政区,约1600人,并有一些外国专家应邀做学术报告。第二届中国消化系疾病学术周于2001年11月6日 - 9日在上海国际会议中心召开,有2000名代表参加会议,并邀请了国内、外众多专家学者进行演讲。会议均取得了成功。
学会还举办了若干次国际学术会议。如1991年与香港消化病学会、美国消化病学会及日本消化病学会共同举办了“第一届香港-北京国际消化病会议”,1993年与香港、日本、美国、澳大利亚等消化病学会在成都召开了"香港-成都第二届国际消化病会议"。此外,各学组也举办过各种国际、国内学术会议。这些会议对促进国际学术交流均取得很好的成果。
2002年 中华消化病学分会成功申办了2004亚太消化系统疾病周,于2004年10月4-7日在北京举行。