清理的1001座新石器时代不同阶段墓葬保存较好,叠压打破关系丰富复杂,分布密集且有一定的规律。墓葬头向一致,均朝东北,仅极少数几座墓的头像例外。长方形竖穴土坑墓占有一定的比例,另外多为无坑或无法判别墓坑的墓。葬式以单人仰身直肢为主,另有俯身葬、侧身屈肢葬、双人合葬等多种葬法。各墓随葬品数量不等,一般5—6个,个别多达10余件或20余件,还有一部分墓中无随葬品。随葬品以陶器为主,另有少数的石器、玉器及骨角牙蚌器等。随葬品中的夹砂陶鼎多置于头顶部,似已形成定制,其余陶器和随葬品多置于腹部和骨盆处,玉器置于耳、胸和手腕部,多与生前佩带或使用有关。所有墓中出土人骨大都保存完好,目前据不完全统计达1200余个体,完整头颅骨200余个,人骨标本骨质坚硬,这在长江下游地区同时代遗址中较为罕见。
出土遗物主要有陶器、石器、玉器、骨角牙蚌器等,其中骨角牙蚌器等出土数量较多且制作精良,有些骨器经精细钻刻或抛光,具有浓厚的地方特色。骨器常见器行有刀、锥、匕、环、簪、针和针筒、匙、刻纹板状器等多种,骨刀利用动物肢骨削磨加工而成,端刃锋利,把手处圆滑且钻有孔眼便于系佩。簪有圆锥体性和扁平弧线形,簪帽分半球形和宽扁形两种,其中扁平弧线形簪的帽部刻有工整对称的圆圈纹,通体抛光,为国内所仅见。刻纹骨筒(即针线包)数量较多,是用动物肢骨切割制成,通体呈两端贯通的圆骨状,内外壁均经刮削打磨抛光,有的筒外壁还刻印有精致工整的几何形纹带,图案较精美,更为惊人的是骨筒内还出有骨针,其针形大小已能与今天使用的铁针相媲美,因此刻纹骨筒可称之谓“骨针筒”。刻纹板状骨器更为骨器中的精品,亦为国内首见之物,该器有四片组成,上下两层叠压出于墓主人左侧胸部,每层两片,每片上正反两面均钻刻有精细的花纹,片与片之间的花纹还存在相互的内在联系和对称关系,说明这四片应是组合而成的一套器物,据器上纹饰分析此器很可能与原始巫术、宗教、卜筮等有关,这对研究当时人们精神领域的活动具有重要价值。另外还出有较多的鹿角靴形器、鹿角锥、象牙簪、象牙柱形器、蚌串饰等,其中象牙簪制作精细,通体抛光,这是目前国内所见时代最早的象牙饰件。鹿角靴形器是长江下游地区马家浜文化中较为常见的一种器形,圩墩遗址墓葬亦常伴有出土,在这次发掘中出土数量较多,据统计约百余件,其数量之多在同时期原始文化中为仅见,长期以来人们对其用途不甚了解,这次三星村墓地中大批出土对明确其用途提供了可靠依据。靴形器常成对出于死者脚母脂上,钩尖朝上,削形器上对称的孔眼是为了便于系扎固定,常与之伴出的有骨梭和网坠等织网、捕鱼类工具,据此推测其必与织网、捕鱼有关,是一件织、补渔网的辅助工具。