万书元教授主要从事建筑美学、艺术美学的研究，主要著作有《艺术美学》、《当代西方建筑美学》、《艺术的文化阐释》、《美术鉴赏》（合著）、《老书院》、《第十位缪斯：中国现代讽刺小说论（1917-1949）》、《神话探幽》、《幽默与讽刺艺术》、《讽刺论》（译著）等，其中《艺术美学》被列入普通高等教育“十五”国家级重点教材；发表论文近百篇。
万书元教授曾获江苏省哲学社会科学优秀成果一等奖（合作）、三等奖，江苏省高等教育教学成果特等奖（合作），国家优秀教材二等奖（合作），中国高校人文社会科学优秀成果三等奖。