孢子形成与繁殖有关，霉菌既可通过有性也可通过无性繁殖形成孢子，据此而分为完全真菌和不完全真菌。常见的无性孢子有孢囊孢子、分生孢子、厚垣孢子、节孢子等。菌丝不具隔膜的霉菌一般形成孢囊孢子和厚垣孢子；菌丝具隔膜的霉菌多数产生分生孢子和节孢子．少数能产生厚垣孢子。有性繁殖所产生的孢子称有性孢子。霉菌常见的有性孢子有卵孢子、接合孢子和子囊孢子。一般无隔膜菌丝的霉菌产生接合孢子．有隔膜菌丝的霉菌产生子囊孢子。 霉菌的孢子广泛存在于自然界，可借助于空气流动而散播到较远的地方，在适宜的环境条件下可大量生长繁殖，污染环境，引起传染。 对人类的实践来说，孢子小、轻、干、多的特点有利于接种、扩大培养、菌种选育、保藏和鉴定等工作。对人类不利之处则是易于造成污染、霉变和易于传播动植物的真菌疾病。