1909年Chagas从豚鼠肺中发现了一个新的物种—肺孢子虫(Pneumocystis),但将其误认为是枯氏锥虫的一种形态学类型。随后的研究明确了该虫种并非锥虫,1912年Delanoe 和Delanoe将其命名为卡氏肺孢子虫 (Pneucystis carinii Delanoe et Delanoe 1912)。长期以来,卡氏肺孢子虫一直被认为是导致人体肺孢子虫肺炎的病原体,并由此将其引发的肺部疾患称“卡氏肺孢子虫肺炎”(pnuemocystis carinii pneumonia,PCP)或肺孢子虫病 (pneumocystosis)。此外,在生物学分类上,肺孢子虫也一直被认为是原虫。