结肠内阿米巴（Entamoeba coli Grassi，1879）是人体肠道最常见的共栖原虫，不致病。滋养体直径10～50µm，略大于溶组织内阿米巴。胞质呈颗粒状，内外质不分明，活动迟缓。内质含大量细菌、酵母菌及淀粉粒等食物泡，但不含红细胞。具有鉴别意义的核，经铁素木素染色后可见核周染粒粗细不匀，排列不齐，核仁稍大，经常偏位。包囊球形，直径10～30µm或更大，明显大于溶组织内阿米巴包囊。胞核4～8个，成熟包囊偶有超过8个者。核亦能在未染色的活体中见到。未成熟包囊常有较大的糖原泡。拟染色体常不清晰，似碎片状，两端尖细不整。生活史与流行情况与溶组织内阿米巴相似，成熟包囊经口感染宿主，除人外，鼠、猪、犬等动物肠内亦发现有寄生。呈世界性分布，在我国与溶组织内阿米巴平行分布，感染率高于后者。发现结肠内阿米巴时有必要继续寻找痢疾阿米巴。