酵母双杂交系统的具体应用可分为两种方法，即阵列法(Array method)和文库筛选法(Library screening method)(Pandey等,2000年)。用阵列法鉴定了192个ORF，文库筛选法对87％的酵母基因组进行了研究。
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文库筛选法
Library screening
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