巨蛇科（学名Madtsoiidae）是冈瓦那大陆一类已灭绝的蛇。它们的化石测年由早森诺曼阶至晚更新世，并且分布在南美洲、非洲、印度、澳洲及南欧。它们包含了非常原始的蛇，如长达10.7米的非洲巨蟒、沃那比蛇及天蛇。 巨蛇科最初被分类为蚺科的亚科。进一步的研究及发现显示它是独立的科。利用支序分类学及种系发生学的分析，显示巨蛇科是蛇亚目内的分支，或是蛇亚目以外的并系基干类群。 巨蛇科长最少1米至超过9米，相信与现今蟒科及蚺科相似，但其颚部结构并不怎么适合吞下大型猎物。 巨蛇科的化石多是一些脊骨碎片，只有几组是相连的骨骼。