复旦大学基础医学院前身为上海第一医学院基础医学部，建于1955年4月。1992年12月基础医学部更名为基础医学院。2000年4月，上海医科大学和复旦大学合并，组建为新的复旦大学。2001年7月27日，撤销复旦大学基础医学院、临床医学院建制，组建复旦大学医学院，2002年更名为复旦大学上海医学院。2012年9月4日，恢复复旦大学基础医学院建制。学院入选国家理科基础教育和教学人才培养基地、上海高校一流学科（A类）建设计划、首批全国党建工作标杆院系培育创建单位。 据2019年3月学院官网显示，基础医学院以二级学科为基本单位，下设12个系；8个研究中心、研究室；1个国家重点实验室；2个教育部重点实验室；2个卫生部重点实验室及1个上海市重点实验室。学院拥有国家一级重点学科3个，国家二级重点学科7个。学院设有博士后科研流动站3个，一级学科博士点6个，二级学科博士点16个，硕士点16个，本科专业2个。在读本科生1076人（其中留学生85人），硕士研究生225人，博士研究生331人。有教职员工324人。