1984年，在我国加快经济体制改革的形式下，吉首大学决定举办经管类专业，并交由原吉首大学少数民族干训部筹办。1986年，湖南少数民族干训部正式招收经济管理专修科学员，经管类成人函授教育也开始正式招生。1987年元月，吉首大学经济管理系挂牌成立，并于同年招收第一届全日制普通高等教育经济管理专科专业学生。从此，吉首大学商学院在普通高等教育中开始了自己的发展历程。在发展的过程中，学院还曾先后根据形式变化更名为民族经济系、经济系和经济与管理系。2002年12月21日撤系建院，定名为现在的吉首大学商学院。