南洋群岛的马来人分为两大族群，即原始马来人( Proto-Malays)和次生马来人( Deutero-Malays)。原始马来人是第一批到达南洋群岛的马来人，他们在新石器时代晚期迁徙至南洋群岛。次生马来人大约在公元前2500至前1500年间来到马来群岛，并带来较先进的种植和金属冶炼技术，他们同化了一部分原始马来人，并将其余的原始马来人排挤到内陆深林。 现今原始马来人的后裔包括：加里曼丹的达雅族、苏门答腊的巴塔克人、爪哇岛的登格尔人、苏拉威西的托拉查人、马古鲁群岛的阿尔弗腊人 、吕宋岛的伊格罗特人 、马来半岛的贾昆人和生活在泰国、缅甸之间海域的莫肯人等。