土木工程学院源自同济医工学堂。同济高工1933年设土木科，1951年迁南京，1980年更名为南京建筑工程学院，先后设建筑工程、勘测工程、经济管理等系，1998年建筑工程系、勘测工程系合并组建土木工程系，02年原土木工程系更名为土木工程学院。为适应国家大规模建设的需要，10年8月，原土木工程学院部分学科成立了交通学院和测绘学院，其余和工程管理联合组建了新的土木工程学院。在近百年的办学历程中，学院为社会输送了2万余名毕业生，得到了社会各界的普遍欢迎和高度评价，已建成包括学士、硕士、博士、博士后在内的完整的人才培养体系。