上海海洋大学海洋科学学院是在1912年学校成立时所设捕捞科基础上发展起来的传统特色学院。历经海洋渔业系、工程技术学院、海洋学院，2008年更名为改名为上海海洋大学海洋科学学院。2017年，入选双一流学科建设高校，建设学科为水产学科。 学院具有1个水产学科博士后流动站；1个水产学科博士学位授予点；3个一级学科硕士学位授予点(水产学，海洋科学，环境科学与工程)；8个二级学科硕士学位授予点，下设4个本科专业。其中捕捞学为农业部和上海市第二、第三期重点学科，海洋渔业学科方向为上海市一流学科A类，海洋科学为上海市一流学科B类建设项目，海洋环境工程为上海市教委第五期重点学科。