系统发育分析显示斯基玛萨龙分类在坚尾龙类（Tetanurae）但排除是鲨齿龙类（Carcharodontosauridae）。斯基玛萨龙的材料区别与其他已知的兽脚类恐龙，所以保持为有效属。
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僵尾龙类 （Tetanurae）目前僵尾龙类被定义为包括鸟类在内的所有与鸟类亲缘关系更近而与嵴鼻龙类（Ceratosauria）关系更远的兽脚类恐龙。
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