鞘藻目曾因其存在特殊的在细胞前真个一环鞭毛的游泳细胞而被列为一个独破的鞘藻纲 （Oedogoniophy-ceae），但大部分的藻类学家以为它只是一个目，由于同样的鞭毛亦见于管藻目（Siphonales）的德氏藻属 （Der-besia）。
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