本发明是用于分离靶寡聚物是核酸寡聚体，或具有所希望的第一亚基的序列，从杂质的低聚物是不包括所述第一亚单位的序列的核酸寡聚体类似物的方法。根据本发明，低聚物包含靶寡聚物和杂质的低聚物的混合物，被装载到分离介质的条件，使得寡聚物的混合物通过分离介质物理上移动下。分离介质包含分离的低聚物包括一个亚基的序列互补的第一个亚基的序列，并在分离的低聚物是通过在分离介质中的目标杂质和低聚物的移动过程中分布于分离介质。条件被控制，以使杂交的目标低聚物和低聚物的分离在分离介质的互补部分并解离的速率大致相同。低聚物的混合物被允许移动通过分离介质，直到目标低聚物是从杂质的低聚物分离。