重庆大学于2000年经教育部批准试办并于2004年经教育部批准正式设立研究生院。学校自1948年起开始招生研究生，是我国最早开展研究生教育的大学之一。1978年重庆大学成为教育部首批恢复研究生招生并有硕士、博士学位授权的单位之一，1981年在全国首批获准博士、硕士学位授权点，1988年获批国内第一个生物力学国家重点学科，1998年在全国首批获准机械工程等4个博士学位授权一级学科。学校现有硕士、博士研究生21000余人。共有双一流建设学科群3个，国家重点一级学科3个、国家重点二级学科9个（含培育2个），重庆市“十三五”重点学科38个。现有博士后流动站29个，博士学位授权一级学科32个，博士学位授权二级学科1个，硕士学位授权一级学科55个，专业学位授权类别19种，工程博士授权领域2个，工程硕士授权领域26个。全校设有36个学院，全方位服务于研究生培养。1985年被批准为全国首批招收工程类型硕士研究生试点学校，1993年成立重庆大学葛洲坝研究生分院，由厂校联合培养研究生，并相继在嘉陵集团、攀枝花钢铁集团、西昌卫星发射基地等国有大中型企业及国防军工业单位建立了工程硕士培养基地。2002年成为全国首批试点EMBA的33所院校之一和全国首批试点软件工程领域工程硕士招生学校之一。学校于2002年成为教育部首批启动资助开展“研究生教育创新工程”试点的高校之一，于2010年被确定为研究生专业学位教育综合改革试点工作单位。至2018年，学校已连续8年获得教育部研究生创新计划资助。