甲基化特异性PCR(Methylation-Specific PCR,MS-PCR)是一种特异位点甲基化检测技术。其基本原理是用亚硫酸氢钠处理基因组DNA，未甲基化的胞嘧啶变成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变。因此从理论上讲，用不同的引物做PCR，即可检测出这种差异，从而确定基因有无CpG岛甲基化。根据目的基因修饰前后的改变，就可以相应设计M和U引物，有时我们需要设计两轮引物。扩增产物用DNA琼脂糖凝胶电泳，凝胶扫描观察分析结果。 这种方法灵敏度高，无需特殊仪器，因此经济实用，是目前应用最为广泛的检测方法。不过也存在一定的局限性，预先需要知道待测片段的DNA序列，引物的设计非常重要。另外，亚硫酸氢盐处理也十分关键，若处理不完全则可能导致假阳性的出现。