倒置荧光显微镜，是指与一般显微镜相比，其物镜、聚光镜和光源的位置都颠倒过来，由荧光附件与显微镜有机结合构成的显微镜。激发光从物镜向下落射到标本表面，被反射到物镜中并聚集在样品上，样品所产生的荧光以及由物镜透镜表面、盖玻片表面反射的激发光同时进入物镜，经双色束分离器使激发光和荧光分开而成像。物镜和聚光镜的工作距离很长，能直接对培养皿中的被检物体进行显微观察和研究。适用于土壤微生物培养实验，具有在培养瓶或培养皿内进行显微观察的特点，可以观察不经染色的透明活体。特别适用于对活体细胞和细胞离体培养等显微观察。