唯物主义有神论认为唯物主义和有神论并不是天然水火不相容的,这种对立可能只是阶段性的,一方面是因为人们对自然的认识范围还有限,人类还远没有洞悉宏观宇宙和微观世界的全貌,我们对自然的认识还处在相对的“中观”层面,一些本来是自然的、物质的存在只因其所特有的属性不能为我们理解而被我们怀疑或否认;另一方面,由于各种宗教的传统的观念的延续,有神论者们往往把“神”绝对化了,神不仅是超物质的和绝对全能的,甚至可以是超逻辑超理性的。
由于唯物主义和有神论的对立,科学与宗教也往往是对立的。即使不是完全对立,至少也是相互分离的。例如在科学与宗教关系的类型研究中,有的学者将其分为对抗与非对抗关系两类,有的则将其细分为冲突,独立,对话以及整合四种类型。其中的“整合”关系并没有达成宗教与科学的统一,例如在通过自然神论或过程神学等学说实现的科学与宗教的整合中,自然神论实际上否认了人格神的存在,更倾向于唯物主义和无神论;过程神学虽然不承认作为绝对控制力量的完全不变的神,但并没有说明神究竟是什么,似乎只是某种在事物发展过程中注入新奇的力量,因而很多人也索性把它视作无神论。
如果我们不再像传统宗教那样把神看作是绝对超越于自然之上的精神存在,而只是把神看作是一种特殊的生命形态,看作是自然的一部分,是自然中我们尚未充分认识的那部分,把神看作是有着某种物质和能量基础的强大的生命体,那么唯物主义和有神论就可以不再对立了,科学与宗教也就有可能达成统一了(这里所讲的统一,主要是指自然科学有可能对灵魂、神、神迹等宗教要素的存在作出合理的解释,而不涉及到具体宗教教义中主张的道德规范、行为准则、仪式设置等,因为这些是与科学并行的,不存在冲突或统一的问题)。