马万勇教授坚持教学改革，不断提高教学质量。自2004年主持了学校的省级化学实验教学示范中心建设。2005年近7000平米的化学实验教学中心大楼启用，补充购置了仪器设备，改善实验教学条件。实验内容的改革在注重扎实基础训练的同时，更加突出对学生创新能力和素质的培养，提高学生动手、分析和解决问题的能力。2004年获山东省教育厅实验技术成果三等奖；2006年获山东轻工业学院教学成果二等奖；2001年编写的山东省“九五”攻关立项教材《物理化学》由山东大学出版社出版；“基础化学综合实验的改革与探索”获省级立项。马万勇教授主持的“物理化学（含结构化学）”精品课程，2005被评为首批校级精品课程，2007年成为省级精品课程。